Qaitbay erőd építése 1477-ben kezdődött a Pharos-szigeten. Az építetőAl-Ashraf Szajf ad-Din Qa’it Bay szultán volt, aki jelentős szerepet töltött be az akkori Egyiptom életében.
Ezen a szigeten volt található a híres alexandriai világítótorony, mely az ókori világ 7 csodájának volt az egyik. Sajnos megmentési próbálkozások – az akkori földrengések miatt – eredménytelenek voltak és a világítótoronynak mára már nyoma sincs. Az ő helyén épült az erőd. A Pharos-sziget a korábbi időkben valóban szigetként működött, mára azonban már teljesen összeépült a kontinenssel.
Az erőd mely 17 magas, védelmi bástyaként épült, hogy a Földközi-tenger felől megvédje az országot illetve a kontinens a betolakodó csapatokkal szemben. Az erőd része volt az alexandriai védelmi vonalnak.
Az erődöt többször is újjá kellett építeni az évszázadok alatt.
Amikor Muhammad Ali Pasha 1805-ben Egyiptom uralkodója lett, felújította a régi erődöt, helyreállítási munkálatokat végzett és megjavíttatta külső bástyáit. Az erődöt a kor legmodernebb fegyvereivel és tengerparti ágyúkkal látta el. Mohammed Ali uralma, elhozta a Qaitbay erőd másik aranykorát.
Az erőd továbbra is Mohammed Ali utódainak érdekeit tartotta szem előtt 1882-ig, amikor is az Orabi-lázadás volt. A brit flotta szinte teljesen lebombázta Alexandriát 1882. július 11-én, és megsemmisítette a város nagy részét, különösen az erőd területét. Az északi és a nyugati homlokzatok nagymértékben megsérültek az ágyúlövések miatt, amelyek közvetlenül a szerkezetre irányultak. A nyugati homlokzat pedig teljes mértékben elpusztult.
A Qaitbay erődöz ezek után már elhanyagolták. A Védelmi Minisztérium 1904-ben felújította a felső emeleteket. Farouk király a Qaitbay erődöt királyi pihenőházzá akarta megváltoztatni, így gyors felújításba kezdtek.
Az 1952-es forradalom után az egyiptomi haditengerészet az épületet felújították és egy tengerészeti múzeumnak rendezték be.
A legnagyobb felújítási munkálatok 1984-ben fejeződtek be, amikor az Egyiptomi Régiségek Szervezete komoly terveket hajtott végre a Qaitbay erőd helyreállítására.